Unsere Schule ist eine Schule in freier Trägerschaft. Der Schulträger ist nicht das staatliche Schulamt, sondern ein eingetragener Verein, der Förderverein "Freie Schule Zinnowitz" e.V..
Dem Verein obliegt nach §116 Schulgesetz M-V die Schulgestaltung, also die Entscheidung über eine besondere pädagogische Profilierung, über die Festlegung der Lehr- und Unterrichtsmethoden sowie über die Organisation des Unterrichts. Der Trägerverein gewährleistet dabei die Mitwirkung von Schülerinnen und Schülern, Erziehungsberechtigten sowie Lehrerinnen und Lehrern.